Молодая девушка Джуди Эппл решает проявить характер. И поднимает свой личный маленький бунт, протестуя и против навязывания снов, которые диктует некий компьютерный источник ИНФИНИСИНТ, и против всего образа жизни, которая сводится к почти постоянному сну под контролем этого ИНФИНИСИНТА. Немедленно следует наказание: Джуди Эппл из подземного бункера-убежища-укрытия попадает на открытую земную поверхность и мгновенно сталкивается с кошмарными опасностями в лице монстрообразных человекоподобных существ, из лап которых ее спасает одинокий охотник Стоувер, оказавшийся вполне приличным, симпатичным, абсолютно нормальным молодым человеком. От него и узнает Джуди обо всем, что когда-то случилось на земле, а также о том, кто живет под землей.
Действие происходит спустя девять лет после событий предыдущей картины. Космический корабль «Алексей Леонов» с советско-американским экипажем на борту отправляется на Юпитер, чтобы разгадать тайну оставленного на орбите корабля-первопроходца «Дискавери». Для этого командиру и членам звездного экипажа предстоит вновь активировать выведенный из строя компьютерный мозг HAL-9000, который явился одной из причин провала первой экспедиции.