В прошлом великий герой Сефирот уничтожил деревню, в которую он пришёл вместе с Заком и Клаудом в поисках своей матери, после чего направился в горы к реактору Мако, где находится его мать — Женова. Беспокоясь о своём отце, туда побежала девушка Тифа Локхарт, а потом солдаты Зак и Клауд.
Император Светлой Империи от нечего делать решил захватить Землю, чтобы помериться силами с самыми сильными бойцами Земли. Ими оказались девушки из Араяшики, Маг-дома, тёмных и ЭГО, которые и встали на нашу защиту.
