Key Animation
Два года минуло с последних событий. Пути Ёродзуи разошлись: Гинтоки исследует Альтану, Кагура по всему космосу ищет способ вернуть прежнее состояние Садахару, а Шинпачи пытается сохранить то немногое, что осталось от их общего дома.
Но тучи сгущаются, остатки Тендошу, благодаря банановой атаке Гориллы, падают на Центральный терминал и собираются вновь использовать Альтану в своих целях.
Пришла пора друзьям в последний раз встать на защиту Эдо, чтобы исполнить желание Шоё Йошиды и заодно спасти своё будущее.
Key Animation
2116 год. Японское правительство начинает экспортировать автономных роботов-дронов с системой Сивиллы в «проблемные» страны, и Сивилла распространяется по всему миру. В качестве эксперимента решается запустить Сивиллу в СЮВАС (Союз Юго-Восточных Азиатских Стран) — государство, истерзанное гражданской войной. Опыт оказался удачным, и благодаря новой системе прибрежный город Шамбала начинает благоденствовать в обстановке временного перемирия и безопасности. Однако затем СЮВАС посылает в Японию своих агентов с целью совершить теракт. Те успешно проникают сквозь охрану Сивиллы и наносят удар изнутри. Подозрение падает на конкретного человека. Ответственная за проведение расследования, офицер Цунэмори, отправляется в Шамбалу.
Key Animation
A vicious sniper has appeared in Tokyo, rendering the people too scared to go outside, once again it's up to Conan to figure out the meaning behind the killings and capture the mysterious sniper before more lives are lost.
Key Animation
Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги теперь должна выполнять приказы Арамаки. Кто-то взломал искусственный интеллект Logicoma и Бато начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Девятый отдел разворачивает очередную операцию.