2034 г нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса — теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукловодом — виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто — Кукловод? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно запланированным прекрасным преступлением? И, каков же будет результат? Тайны окружают Сообщество стабильной государственности…
Атомная бомба перевернула, искалечила судьбы всех главных персонажей фильма. Не говоря уже о чисто физических страданиях, она изменила и их психологию. Через пять лет после взрыва все выглядит внешне спокойно в деревне близ Хиросимы: женщины обрабатывают рисовые поля, убирают урожай, сплетничают, мужчины удят рыбу. Но те, кто стал жертвой атомной бомбардировки, больше не чувствуют себя равноправными членами общества. К ним относятся с недоверием, их сторонятся.
