Япония собирается отпраздновать крупнейший всемирный спортивный фестиваль в Токио. В то же время проходит приуроченная к открытию фестиваля церемония запуска первого в мире скоростного вакуумного поезда, объединяющего все последние японские технологии и развивающего скорость в 1000 км/ч, который должен проехать от станции Син-Нагоя до станции Сибахама в Токио. Зрители со всего мира следят за этими событиями, а в Токио собирается огромное количество иностранцев, однако на вечеринке для известных спонсоров происходит невероятное: один за другим исчезают ключевые менеджеры крупных кампаний. Конан приходит к выводу, что инцидент связан с похищениями пятнадцатилетней давности на церемонии открытия всемирного спортивный фестиваля в Бостоне…
В центре сюжета будут Кайто Кид, Макото Кёгоку и Конан Эдогава. Вор Кайто Кид вернётся после своего последнего появления в 19-м фильме «Детектив Конан: Подсолнухи адского пламени». А для непревзойдённого каратиста Макото Кёгоку, одержавшего 400 побед, это будет дебют в полнометражках франчайза. Кёгоку столкнётся с Кидом, когда последний попытается украсть знаменитый сапфир. Конан Эдогава же будет похищен и доставлен вором в Сингапур против своей воли.
В здании телевидения Нитиури, в котором проходит Кубок Сацуки на соискание победителя в японском Хякунин Иссю, происходит взрыв. Инцидент приводит к большому волнению, и, хотя здание сгорает дотла, единственные люди, оставшиеся внутри, — это Хэйджи и Казуха. Но их спасает Конан, который вовремя успел на место происшествия. Личность и цели террориста неизвестны. Одновременно с этим в японском доме в Арасияме, пригород Киото, находят тело действующего чемпиона Кубка Сацуки. Фотографии с места преступления указывают на причастность Момиджи, поскольку рядом с телом жертвы был разложены карты каруты. Конан и Хэйджи, при поддержке полицейских департамента Осаки и Киото, берутся за расследование случившегося на Кубке Сацуки и связанного с ним убийства. В ходе следственных мероприятий парочка сталкивается с тайной о Хякунин Иссю.
Флот Ковчега был разрушен, и значительное количество войск противника было уничтожено вследствие его аварийной посадки.
«W-0» вместе со своим новым союзником Эшли Ашурой готовятся перехватить остальные перегруппировавшиеся силы Рыцарей Святого Михаила и начать финальное наступление на замок Вайссвольф.
Тем временем гиас Шина выходит из-под контроля, и британец решает стереть своего младшего брата с лица Земли раз и навсегда. Но Акито отказывается принять такую участь и, пообещав Лейле вернуться живым, вступает в финальную схватку с Шином.
