Из-за сдвига в тектонических плитах, который произошёл около ста лет назад, Япония потеряла большую часть своей территории в связи с затоплением оных. Чтобы сохранить остатки территории, один за одним начали возникать прибрежные города. В конце концов они стали самыми настоящими морскими городами, и вместе с расширением морских путей для их соединения, возникла необходимость в людях, которые смогли бы защитить не только эти самые пути, но и море. В то же время, работа в море становится всё более популярной среди девушек. Таким образом, отряд «Синие русалки» стал работой мечты для каждой студентки.
As the conflict that began in Magical Girl Lyrical Nanoha: Reflection continues to escalate, Nanoha and her allies soon find out the troubled history between Iris and Yuri, which is related to the tragedy of Eltoria's "Planet Reclamation Committee".
