Действие фильма развернётся через два года после завершения плана «Реквием по Зеро». Всё пошло не так, как было задумано, и сестра Лелуша Наналли и Сузаку подвергаются атаке нового врага.
Флот Ковчега был разрушен, и значительное количество войск противника было уничтожено вследствие его аварийной посадки.
«W-0» вместе со своим новым союзником Эшли Ашурой готовятся перехватить остальные перегруппировавшиеся силы Рыцарей Святого Михаила и начать финальное наступление на замок Вайссвольф.
Тем временем гиас Шина выходит из-под контроля, и британец решает стереть своего младшего брата с лица Земли раз и навсегда. Но Акито отказывается принять такую участь и, пообещав Лейле вернуться живым, вступает в финальную схватку с Шином.
Zephyr, now known as Z, rides the seas with only one goal: Destroy all pirates and their dreams at becoming King of Pirates. When Luffy and his crew encounter him at sea, not only are they utterly defeated by the man with an arm made of Seastone, Nami, Robin, and Chopper are turned 10 years younger due to Z's minion Ain. Luffy is so determined to win against him that he does not even notice Z's master plan that could sacrifice thousands of lives.
Из разных деревень начали пропадать ниндзя с модифицированным геномом. Подозрения пали на Страну Огня. По приказу Цунадэ, Какаши решил пожертвовать собой, дабы предотвратить намечающуюся войну. Специальные колокольчики Какаши, оставленные у Наруто, помогают тому вспомнить самый первый урок сэнсэя, что подталкивает Узумаки во что бы то ни стало, сражаясь и с друзьями, и с противниками, вернуть наставника «Команды №7», заставляя поверить в себя тех, кто унаследовал Волю Огня.