Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
Stolen from the famous "secret" Air Force base, Area 51, Lupin's most recently stolen treasure holds a secret. Four "Bloody Angels," the toughest women Lupin has ever faced, want the treasure for their own terrorist purposes. Meanwhile Zenigata teams up with a female police officer to hunt Lupin and the terrorists down.
