Ano 2034. Faz dois anos que Motoko Kusanagi deixou a Seção 9. Togusa é o novo líder da equipe que tem agora uma abordagem mais pessoal dos casos. A nova e melhorada Seção 9 lida com questões complexas e investiga uma série de eventos interligados que estão sendo manipulados por um ultra-hacker conhecido como Puppeteer (O Mestre dos Bonecos). No filme, a Seção 9 lida com incidentes planejados quase que matematicamente. Mas quem é o Mestre dos Bonecos? E qual a verdadeira intenção dele ao criar essas "coincidências"?
Roubado da famosa base "secreta" da Força Aérea, Área 51, o tesouro mais recentemente roubado por Lupin guarda um segredo. Quatro "Bloody Angels", as mulheres mais duros que Lupin já enfrentou e que querem o tesouro para os seus propósitos terroristas. Enquanto isso, Zenigata une-se a uma policia para caçar Lupin e os terroristas.
