Un asesino a sueldo, se convierte en reverendo de una iglesia de Los Ángeles, hasta que un líder de una secta y sus secuaces secuestran a su hija. Cegado por la venganza, abre un camino sangriento a través de la ciudad. Lo único que puede detenerlo es su nueva fe.
Kubo es un joven desaliñado y bondadoso que se gana la vida humildemente y cuida de su madre en una apacible aldea costera. Tiene una tranquila existencia hasta que un espíritu del pasado vuelve para llevar a cabo una vieja venganza. De repente, rodeado por dioses y monstruos, Kubo verá que su supervivencia pasa por encontrar la armadura mágica de su caído padre, el más grande samurai que el mundo ha conocido. Llenándose de coraje, Kubo se embarca en una emocionante odisea enfrentándose a su historia familiar, navegando entre los elementos y luchando valientemente por la Tierra y las estrellas.
