Um assassino contratado, torna-se o reverendo de uma igreja de Los Angeles, até que um líder de culto e seus subordinados sequestrem sua filha. Cego pela vingança, ele abre um caminho sangrento pela cidade. A única coisa que pode detê-lo é sua nova fé.
Kubo vive uma normal e tranquila vida em uma pequena vila no Japão com sua mãe. Até que um espírito vingativo do passado muda completamente sua vida, ao fazer com que todos os tipos de deuses e monstros o persigam. Agora, para sobreviver, Kubo terá de encontrar uma armadura mágica que foi usada pelo seu falecido pai, um lendário guerreiro samurai.
A cada geração é selecionado O Escolhido, um herói prodígio do kung fu que deverá lutar contra as maldades do mundo. Mas desta vez, o escolhido tem também uma outra missão: vingar o massacre que sofreu sua família nas mãos do desprezível Master Pain. Para tanto, ele vai contar com a ajuda de Master Tang, de sua filha e da rainha do karatê Whoa.
