Un virus mortal ha sido liberado sobre la población de Raccoon City. Alice (Milla Jovovich), una de las supervivientes del desastre bioquímico, se encuentra en el corazón de esta devastada ciudad. Sometida a experimentos que han alterado su genética, ahora posee fuerza, sentidos y destreza sobrehumana. Estas habilidades, y más, serán las que deba utilizar quien quiera sobrevivir en esta nueva aventura. Junto con otros supervivientes deberá escapar de la cada vez más peligrosa Raccoon City. Para alcanzar su meta necesitarán luchar contra las fuerzas de la Umbrella Corporation, las violentas criaturas de bioingeniería creadas en sus laboratorios, los zombies que plagan la ciudad y, finalmente, enfrentarse a la más colosal y mortal de estas creaciones: Nemesis.
Paul y Jessie Duncan (Greg Kinnear, Rebecca Romjin-Stamos) han perdido a Adam (Cameron Bright), su hijo de ocho años, en un trágico accidente. Durante los preparativos del entierro, el doctor Richard Wells (Robert De Niro) les hace una propuesta increíble: clonar a su hijo para devolverlo a la vida. El matrimonio acepta, a pesar de los obvios inconvenientes legales, éticos y morales que se les plantean en este fáustico pacto con el doctor Wells. El secretismo que se les exige es insignificante comparado con el hecho de que su hijo tenga otra vez la oportunidad de vivir. La pareja debe entonces trasladarse a Riverton, donde Adam será clonado en la impresionante clínica de fertilidad de Wells.