Desde que foi capturada pela Corporação Umbrella, Alice (Milla Jovovich) passou por várias experiências biogênicas. Ela teve seus genes modificados, o que fez com que adquirisse poderes, sentidos e agilidade sobre-humanos. Agora ela precisa retornar à cidade de Racoon, onde recebe o apoio de Jill Valentine (Sienna Guillory) e Carlos Olivera (Oded Fehr) para eliminar um vírus mortal que ameaça fazer com que todo ser humano retorne como morto-vivo.
Adam, o filho de oito anos de Jessie e Paul, morre num acidente no dia de seu aniversário. Logo depois o casal conhece Richard, um doutor renomado da pesquisa genética, que ao saber do caso, resolve ajudá-los. Ele propõe ao casal que eles participem de uma experiência de clonagem. Depois de muito pensar, eles aceitam e a experiência que dá certo. Adam "renasce" igualzinho, mas só até completar oito anos. A partir de então, uma nova personalidade começa a se manifestar em Adam... Sinistra e aterrorizante!