La acción de Galaxy Express 999 Fantasía Eterna se desarrolla 1 año después de la vuelta de Tetsuro a la Tierra. Maetel rescatará a un aprisionado Tetsuro y lo embarcará un vez más a bordo del GE999. Juntos tendrán la obligación de liberar la galaxia de las fuerzas oscuras.
Kitaro is a yōkai boy born in a cemetery and, aside from his mostly decayed father, the last living member of the Ghost Tribe (幽霊族 yūrei zoku?). He is missing his left eye, but his hair usually covers the empty socket. He fights for peace between humans and yōkai, which generally involves protecting the former from the wiles of the latter.
Yousuke Obata vive en la isla de Pago Pago, en el archipiélago de Fiyi, con su padre Tetsurou, un especialista en biología oceanográfica. Después de que una tormenta azote la isla, Yousuke viaja a la laguna con su moto de agua y encuentra allí un extraño bebé reptil. Tras llevarlo al laboratorio de su padre, decide quedárselo y llamarlo Coo. A medida que Coo crece y su tamaño aumenta, su parecido a un dinosaurio de hace más notorio y hará que haya otras personas interesadas en la criatura...
