1998년 공개된 세 번째 극장판. 기계인간의 멸망 이후 무기질 생명체인 메타노이드가 새로운 적으로 등장한 우주를 배경으로 하기 때문에 스토리가 기존 1, 2기 극장판이나 TV판과는 직접적으로 연결되지 않지만.[17] 원작과 차이가 많은 극장판 1,2 보다는 TV판과 이어진다고 보는것이 타당할 것이다. 내용은 1996년부터 다시 연재된 은하철도 999의 새로운 시리즈[18]를 토대로, 여기 등장한 에피소드 2~3가지를 각색해서 만들었다. 그래서 이전 극장판에는 청소년풍이었던 테츠로의 캐릭터 디자인이 원작이나 TV판과 같이 둥글둥글한 이미지로 돌아갔다. 하지만 팬들에게는 흑역사 취급을 받고 있다. 러닝 타임이 50분밖에 안 되는데다 스토리가 완결되지 않고 다음 편을 기다려 달라는 자막으로 마무리되기 때문이다. 심지어 다음편은 나오지 않았다. 작화는 CG를 쓰는 등 그 당시 기준으로 최상급이었지만 스토리가 문제였던 작품.
Kitaro is a yōkai boy born in a cemetery and, aside from his mostly decayed father, the last living member of the Ghost Tribe (幽霊族 yūrei zoku?). He is missing his left eye, but his hair usually covers the empty socket. He fights for peace between humans and yōkai, which generally involves protecting the former from the wiles of the latter.
After a storm hits their island, Yusuke (driving his jet-ski) finds a baby dinosaur. He show it to his dad, they keep it and call it Coo. But there are other parties interested in a 65 million year old creature...
