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Ohana se ha acostumbrado a vivir en la posada de aguas termales que dirige su abuela, el Kissuisou. Un día, la hija del hotel rival, Yuina, llega al Kissuisou para entrenarse y así convertirse en gerente por sus propios medios. Como Ohana vigila su entrenamiento, se encuentra "cierto objeto" en el almacén mientras limpia.
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Es el año 2314 D. C. Han pasado dos años desde la derrota a la despiadada A-LAWS, y el nuevo gobierno de la Federación de la esfera terrestre ha buscado la paz mediante el establecimiento de un mundo libre de armas. Sin embargo, una nave olvidada que fue enviada a Júpiter hace 130 años de alguna manera vuelve a la Tierra, aparentemente sin signos de vida a bordo, sin embargo trae consigo una nueva y peligrosa amenaza alienígena, las formas de vida de metal cambia formas Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter (ELS), que comienzan a asimilar la tecnología de la Tierra y sus habitantes. Ahora, con la humanidad en peligro de la destrucción total, Celestial Being hace su retorno a defender a la tierra en contra de la invasión de los ELS extraterrestre en lo que parece será la última batalla.
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El virus mortal Medousa se extiende en forma de epidemia a escala mundial. Las autoridades deciden poner a un grupo de personas en sueño criogénico con la esperanza de que duerman hasta que sea hallada una cura. La adolescente Kasumi, una de los 160 elegidos, es sometida al proceso de criogenización en el Centro de Cápsulas e Sueño Frío en un antiguo castillo. Pero cuando Kasumi y los demás despiertan, se dan cuenta que el Centro no es como recordaban...
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Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
