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Ohana acabou se acostumando a viver na pousada que sua avó possui, Kissuisou. Um dia, a filha de um gerente da uma concorrente de Kissuisou, Yuina, vem para a pousada para aprender a se tornar uma dona de pousada. Conforme Ohana cuida de seu aprendizado, ela encontra "um certo item" num depósito enquanto faz faxina.
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The year is 2314 AD, two years have passed since the defeat of the Innovators and the exposure of the A-Laws' crimes against humanity. The A-Laws have been abolished and their infrastructure integrated into the Earth Sphere Federation Army. However, the world's exposure to GN Particles has resulted in many people awakening as True Innovators. Celestial Being has returned to the shadows to rebuild and quietly observe the infantile peace. However, an abandoned probe from an expedition to Jupiter 130 years ago approaches Earth bringing a new crisis with it, one that threatens all of mankind. While Celestial Being begins their final mission to save humanity from an unimaginable threat, Gundam Meister Setsuna F. Seiei is about to discover the true purpose of his evolution as an Innovator. Aeolia Schenberg's plan has moved into its final stage...
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Após uma infecção viral conhecida como o vírus Medusa aparecer na Sibéria e contagiar toda a Terra, 160 humanos são escolhidos para testar uma cura desenvolvida pela organização Venus Gate. Kasumi é selecionada como uma das 160 pessoas para o experimento. Ela é forçada a entrar no tratamento e ao sono frio sem a irmã gêmea Shizuku, com quem se preocupa muito. Alguns dos que estavam em hibernação acordaram abruptamente, encontrando as instalações onde deveriam ser tratados em estado de deterioração, invadida por uma selva exuberante de árvores e vinhas estranhas cobertas de espinhos. Logo os sobreviventes descobrem que toda a ruína está cheia de criaturas estranhas e outras aberrações monstruosas da natureza. Pensando que uma grande quantidade de tempo passou desde a sua chegada à ilha, em breve os sobreviventes descobriram não só que o sono deles era muito curto para marcar alterações tão dramáticas, mas também que a situação em si é muito maior do que eles poderiam imaginar.
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Ano 2034. Faz dois anos que Motoko Kusanagi deixou a Seção 9. Togusa é o novo líder da equipe que tem agora uma abordagem mais pessoal dos casos. A nova e melhorada Seção 9 lida com questões complexas e investiga uma série de eventos interligados que estão sendo manipulados por um ultra-hacker conhecido como Puppeteer (O Mestre dos Bonecos). No filme, a Seção 9 lida com incidentes planejados quase que matematicamente. Mas quem é o Mestre dos Bonecos? E qual a verdadeira intenção dele ao criar essas "coincidências"?
