Nobita tiene que encontrar un tema para su tarea de investigación de verano. Como él está culpando de todo a Adán y Eva por pecar y hacer que sus descendientes sufran (de tareas), Doraemon decidió proporcionarle un gadget para observar la creación del mundo para que pueda escribir un informe en el diario génesis. Suneo, Gigante y Shizuka finalmente se unen a ellos y juntos velan por el nacimiento de tribus y civilizaciones. Mientras tanto, la patrulla tiempo está buscando una máquina del tiempo ilegal cuyos controladores han oído por casualidad hablar a Gigante del proyecto diario génesis. Capturan a Gigante y Suneo, dejando a Nobita, Shizuka y Doraemon observando para escribir el diario génesis y para rescatarlos.
Verano de 1945. La aviación estadounidense somete las ciudades japonesas a continuos ataques aéreos. En uno de ellos, una incursión con bombas incendiarias convierte la ciudad de Kōbe en un infierno humeante, para los dos protagonistas (Seita, de 14 años, y su hermanita Setsuko, de 5). El joven Seita y su pequeña hermana Setsuko son hijos de un oficial de la marina japonesa. Durante la Segunda Guerra Mundial, ambos viven con su madre, pero un día, tras un bombardeo, ellos se retrasan y no consiguen llegar al búnker donde ella los espera.
