여름방학, 친구들은 모두 자유숙제를 하고 있는데 노비타 혼자만 아무것도 하고 있지 않다. 도라에몽은 겉으론 안 도와 주는 척 소리 질렀지만 속으론 미래 백화점에 방학숙제 교본을 주문한다. 노비타는 그런 도라에몽을 알고 집으로 오는 어느 물건을 직접 집에 가져온다. 그것은 바로 창세일기 세트! 자신이 태양계를 만들어 그것을 관찰하는 도구였다. 노비타는 도라에몽과 같이 지구를 만들어 관찰을 한다. 그의 관찰일기는 엉망진창. 그러나 친구들 한명씩 노비타의 관찰에 합류하면서 그럴듯한 관찰일기가 만들어졌다. 노비타는 그 속에서 자신과 친구들을 닮은 사람들을 찾게 되고 그의 후손들을 살펴보던 중 후손 중 하나가 동료들과 같이 남극으로 여행을 떠난다. 그 여행의 목적은 남극에 뚤려있는 구멍을 탐사하는 것. 그 구멍에서 발견된 것은? 그리고 여행을 갔다가 하루아침에 사라진 쟈이안과 스네오의 행방은?
2차 세계대전, 일본의 한 마을에 폭격기로 인한 대공습이 일어난다. 마을이 화염으로 휩싸이자, 14살인 세이타는 부모님과 따로 만나기로 약속한 채 4살짜리 여동생 세츠코를 업고 피신한다. 결국 집과 어머니를 잃고 먼 친척아주머니의 집으로 향하는 세이타와 세츠코. 힘들고 어려운 환경에서도 오빠 세이타는 천진하고 착한 여동생 세츠코를 보면서 희망과 용기를 잃지 않는다. 하지만 시간이 지날수록 친척아주머니의 남매에 대한 냉대는 더욱 심해지고, 세이타는 어머니가 남겨주었던 마지막 여비를 챙겨 세츠코와 함께 산 속에 있는 방공호로 거처를 옮긴다. 두 남매는 산 속 동굴에서 반딧불이를 잡아 불을 밝히고, 물고기와 개구리를 잡아먹으며 살아가는데...
