La guerra contra el terror estalló, literalmente, el día en que Sarajevo fue destruido por un dispositivo nuclear hecho en casa. Las principales democracias se transformaron en estados de vigilancia total, y el mundo en desarrollo se ahogó bajo una ola de genocidios. El misterioso estadounidense John Paul parece estar detrás del colapso del sistema mundial, y le corresponde al agente de inteligencia Clavis Shepherd rastrear a John Paul a través de los restos de civilizaciones y encontrar el verdadero corazón de la oscuridad, un órgano genocida.
Un mundo utópico regido por una poderosa ética del bienestar social en el que la nanotecnología aplicada en el campo de la medicina está a la orden del día. Sin embargo, no todo es tan perfecto como parece, y tres chicas se rebelan contra esa bondad totalitaria y esas modernas técnicas médicas cometiendo un suicidio colectivo por inanición, pero fracasan en el intento. Una de ellas, Tuan Kirie, se convierte en un miembro de la Organización Mundial de la Salud. A medida que una crisis amenaza la armonía de este nuevo mundo, Tuan se reencuentra con otra de los miembros del suicidio colectivo, y juntas deberán intentar salvar el mundo.
La historia de Shisha no Teikoku tiene lugar en la Europa del siglo XIX y gira en torno a John Watson. El gobierno lo ha escogido para que se convierta en un agente secreto. Sin embargo, Watson vive en un mundo donde los Frankensteins -cadáveres humanos que son readaptados con un alma falsa para usarlos como mano de obra- se utilizan para mejorar el desarrollo industrial.
