La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
Hotaru comienza a envejecer rápidamente mientras se encuentra al cuidado de las Guardianas Exteriores. Después, ¡es el momento de que todas las Guardianas se reúnan!
Mary es una niña que vive con su tía abuela Charlotte en el campo, donde no pasa casi nada. Un día sigue a un misterioso gato hasta el bosque y descubre un viejo palo de escoba y una extraña flor que sólo florece cada siete años en ese mismo bosque. El palo de escoba y la flor llevarán a Mary por encima de las nubes hasta llegar a Endor College, una escuela de magia dirigida por Madam Mumblechook y el brillante Doctor Dee. Pero allí suceden cosas terribles y después de mentir, Mary tendrá que arriesgar su vida para que todo vaya bien.
Taki y Mitsuha descubren un día que durante el sueño sus cuerpos se intercambian, y comienzan a comunicarse por medio de notas. A medida que consiguen superar torpemente un reto tras otro, se va creando entre los dos un vínculo que poco a poco se convierte en algo más romántico.
