도시에서 시골 친척집으로 이사온 후 지루한 일상을 보내던 소녀 메리는 어느 날, 길 잃은 고양이를 따라갔다가 신비로운 숲을 발견한다. 그 곳에서 7년에 한 번 밖에 피지 않는 비밀스러운 마녀의 꽃 '야간비행'과 마법으로 봉인된 낡은 빗자루를 발견하는 메리. '야간비행'을 통해 메리는 마법의 힘을 얻고, 낯선 마법세계에 도착한다. 그러나 마녀의 꽃 '야간비행'의 비밀이 서서히 드러나면서 메리는 위기에 처하게 되는데... 평범한 소녀 메리의 환상적인 모험 가슴 뛰는 마법이 시작된다!
시골에 사는 소녀 미츠하(가미시라이시 모네)는 어느 날 잠에서 깬 후 자신의 몸이 남자로 바뀐 걸 알게 된다. 같은 시간, 도쿄에 사는 소년 타키(가미키 류노스케) 역시 이 기이한 상황을 겪고 있다. 낯선 가족, 낯선 친구들, 낯선 풍경들... 서로에게 이어진 끈을 알게 된 둘은 둘만의 규칙을 정하고 점차 상황을 받아들이기 시작한다. 서로에게 남긴 메모를 확인하며 점점 친구가 되어가는 타키와 미츠하. 언제부턴가 더 이상 몸이 바뀌지 않자 자신들이 특별하게 이어져있었음을 깨달은 타키는 미츠하를 만나러 가는데...
