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Kogoro y Conan viajan a Yokohama por la solicitud de un cliente desconocido, pero caen en una trampa, y Ran y los Detectives Junior son tomados como rehenes. Si no resuelven el caso en el plazo de doce horas, las bombas vinculadas a los rehenes estallarán. Además el captor sabe que Conan es Shinichi Kudo y se unen al conflicto Kaito Kid y Hattori Heiji. ¿Podrán solucionar el misterio dentro del plazo?
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La mega corporación "Grupo Daedalus" está bajo los ataques un de pequeño grupo de activistas conocidos como Los Fantasmas de Icarus. Mientras están cuidando de algunos de las víctimas del bombardeo, Black Jack se encuentra con el doctor Kiriko, también conocido como La Encarnación del Mal, quien, al igual que él, le pide a sus pacientes grandes sumas de dinero, pero en lugar de salvarles, les ofrece una muerte sin dolor. Cuando el grupo activista solicita la colaboración de ambos doctores, Black Jack se encuentra atrapado en una espiral de vida, muerte y traición, mientras intenta salva la vida de sus pacientes, y evitando una guerra biológica que podría destruir la humanidad.
