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수수께끼의 의뢰인으로부터 초대받아 초대형 테마파크 미라클 랜드를 방문한 코난 일행. 의뢰인은 제한된 12시간 내 자신이 의뢰한 사건을 해결하지 못하면, 코난과 유명한 탐정뿐만 아니라 미란과 장미 그리고 어린이 탐정단의 손목에 찬 미라클 랜드 프리패스 ID에 설치된 폭탄이 폭발할 것이라 위협한다. 부산의 고등학교 탐정 ‘하인성’과 괴도키드를 쫓는 원조 고등학생 탐정 ‘백준수’ 역시 코난과 똑같은 의뢰에 인질이 잡혀있는 상황. 코난과 함께 사건에 도전하는 탐정들은 여기에 ‘괴도 키드’ 역시 연루되어있다는 사실을 알게 된다. 시시각각으로 제한시간인 밤 10시는 다가오고, 정체를 알 수 없는 괴한들의 습격이 계속되는데…
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어느 날 빌딩 폭발 사건이 발생한다. 경찰은 과격단체의 소행으로 규정짓고 사고를 조사 중이지만, 실제로 이 모든 사고는 다이다루스 그룹의 회장의 소행이다. 회장은 사탄이라는 세균을 유포시켜 전 세계를 공포에 떨게 만들고 아울러 동시에 백신 사업을 통해 어마어마한 부를 축적하고자 하는 계획하에 이 모든 것을 주도하였다. 하지만 백신을 개발한 동료는 백신과 함께 이 사업의 위험성을 감지하고 죽어 버렸으며 백신을 개발하기 위해 외딴섬에 사람을 들여놓고 임상 실험을 하게 된다. 하지만 회장을 자기의 후원 교수로 알고 백신을 개발하던 로크의 여자친구가 감염이 되어 블랙잭을 납치한 후 여자 친구를 구하고자 하던 중 블랙잭도 이 사건에 휘말리게 되고, 또한 죽음의 의사인 블랙잭 키리코 역시 이 섬에 초대된다. 한편 후원 교수가 다이다루스 그룹의 회장임을 알게 된 로크는 회장 일당과 목숨을 건 사투를 벌이는데...