Es el año 2314 D. C. Han pasado dos años desde la derrota a la despiadada A-LAWS, y el nuevo gobierno de la Federación de la esfera terrestre ha buscado la paz mediante el establecimiento de un mundo libre de armas. Sin embargo, una nave olvidada que fue enviada a Júpiter hace 130 años de alguna manera vuelve a la Tierra, aparentemente sin signos de vida a bordo, sin embargo trae consigo una nueva y peligrosa amenaza alienígena, las formas de vida de metal cambia formas Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter (ELS), que comienzan a asimilar la tecnología de la Tierra y sus habitantes. Ahora, con la humanidad en peligro de la destrucción total, Celestial Being hace su retorno a defender a la tierra en contra de la invasión de los ELS extraterrestre en lo que parece será la última batalla.
La historia es una versión alternativa de la Fate / stay historia de la noche que comienza poco después de la primera pelea contra Saber y Lancer. Este argumento da Archer un papel más activo, y desarrolla un romance entre Shiro y Rin, en lugar de Shiro y Saber
