지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.
10년전 원인 불명의 대화재로 인해 후유키 시는 참상을 겪었다. 그 화재의 원인이 '성배전쟁'이라 불리는 마술사들의 싸움이었다는 사실을 알고 있는 자는 극히 적다. 손에 넣은 자의 소원을 이루어 준다는 성배. 후유키 시의 관리를 맡고 있는 명문 마술사 가문인 토오사카 가의 젊은 당주 토오사카 린은 10년 전의 성배전쟁에서 아버지를 잃고, 다음엔 반드시 이기겠노라 다짐하며 준비를 갖추고 서번트 소환을 실시한다.
