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El 'Edge of Ocean' será la nueva sede de la cumbre de Tokyo, custodiada por más de 22.000 policías, ¡ocurre una gran explosión! Allí se encuentra Tooru Amuro, miembro de la organización secreta conocida como 'Zero' que controla la policía de seguridad pública de todo el país. Conan sospecha de una explosión ocurrida días antes de la cumbre y del misterioso comportamiento de Amuro, que se mueve en secreto. En ese momento se encuentran unas huellas digitales en la escena del crimen y coinciden con las huellas de Kogoro Mouri, ¡quien perteneció a la policía en el pasado! ¿Acaso se trata de una conspiración? Conan y Amuro inician la investigación alrededor del arresto de Kogoro.
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Ash, Pikachu y sus amigos se encuentran en un hotel, cuando de repente aparecen unos anillos dorados que los transporta a Ciudad Desert, donde se encuentran con Hoopa, el cual que tiene la habilidad de hacerse con todo lo que se desee (incluyendo a personas y Pokémon) con ayuda de sus anillos mágicos...
