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Após uma explosão repentina na ilha "Edge of Ocean" em Tóquio, Tōru Amuro, nome de código Zero, começa a investigar. Enquanto isso, o detetive Kogorō é preso como suspeito, então Conan Edogawa conduz a sua própria investigação para provar a sua inocência, mas Amuro metesse no seu caminho.
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Cem anos atrás, a cidade do deserto “Désser City” foi severamente danificada por uma batalha épica entre os Pokémon. A batalha foi iniciada devido a um Pokémon específico. No entanto, o Pokémon foi selado por alguém, e a cidade voltou a ser calma e normal como era antes até os dias de hoje. Ash, Pikachu, Serena, Clemont e Bonnie continuam a sua jornada, e durante este perído encontram o Pokémon mítico Hoopa, que carrega anéis onde tem a capacidade de invocar tudo até mesmo Pokémon Lendários.
