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La destrucción del mundo avanza. Lo único que puede detenerlo es el sacrificio de Miyu que es digno del Grial. Cuando Ainsworth le pregunta a Illya, la que lleva el título de salvadora del mundo, qué salvará entre el mundo y Miyu, ella elige la respuesta simple y egoísta de 'ambos'. En un respiro de la lucha, todos descansan en la casa de la que se encargaron Miyu y Shirō. Cuando se reúnen en un círculo, Shirō les cuenta sobre él y Miyu. Ella era la Hija de Dios que concedía todos y cada uno de los deseos. Shirō acogió a la chica que no tenía a nadie más en la casa que había compartido con Kiritsugu. Han pasado cinco años desde entonces, y ahora han vivido en paz como hermanos. Pero esa pacífica vida cotidiana ahora se ha hecho añicos. La llevarán de regreso, pero antes de eso, Julian hace su aparición, aún buscando en Miyu el milagro que necesita.
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10 años después del TFI el mundo del fútbol ha cambiado rotundamente, ya que ahora es controlado por la organización Fifth Sector que lo ha sumergido en tiempos oscuros. El fútbol ya no tiene sentido. Sin embargo un joven que proviene de Okinawa, Arion Sherwind (El nuevo protagonista de la serie) acaba de mudarse a Tokio en donde formará parte del Raimon. Él ama el fútbol y jugará de centrocampista en el Raimon. Su falta de talento al principio es compensado por su optimismo y su busqueda de mejorar cada día, aunque esconde grandes habilidades para regatear. Su llegada marca un nuevo inicio en el Raimon que comienza a recuperar las esperanzas y junto a su nuevo entrenador, Mark Evans, comenzarán esta nueva carrera contrareloj con el objetivo de devolverle el verdadero significado al fútbol.
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La acción transcurre en un plano temporal futurista, en el año 2144 aproximadamente, donde la Tierra ha sido devastada por unos seres llamados Festum desde el año 2114. Por ciertos eventos causados por estos seres los japoneses perdieron su fertilidad y fueron prácticamente borrados del mapa. Los supervivientes se encuentran ahora en una remota isla japonesa llamada Tatsumiya. La gente ha logrado sobrevivir escondiéndose de los Festums usando la más avanzada tecnología. Es el último paraíso en la Tierra. Lo más sorprendente de esta isla es que es todo un continente flotante. Al fin, los Festums descubren la isla y comienzan a atacar. Aún así, los humanos no estaban desprevenidos. Tras activar los escudos de energía que protegen la isla, mandan a un joven piloto, Kazuki Makabe (???? Makabe Kazuki), a luchar contra los Festums usando un robot gigante llamado Fafner.
