Han pasado algunos años desde el final de la Guerra Shinobi. Naruto Uzumaki es el séptimo Hokage de Konoha, en esta nueva era. Su hijo, Boruto Uzumaki, pronto entrará en los exámenes de Chunin, junto Sarada Uchiha y el misterioso Mitsuki.
Han pasado dos años desde que acabó la Cuarta Guerra Shinobi y con ello la última pelea entre Naruto y Sasuke. Konoha se encuentra en paz, pero un nuevo enemigo amenaza esta paz. La luna que fue creada por el sabio de los seis caminos cuando sello al Jūbi, se perturba y empieza a dirigirse a la tierra en forma de un meteorito gigante, se descubre que el causante de esta inminente tragedia es alguien llamado Toneri Ōtsutsuki quien es el último descendiente del Clan Ōtsutsuki, cuyos miembros habitaron en la luna los último mil años. En medio del inminente desastre Toneri Ōtsutsuki intenta secuestrar a Hinata, pero Hannabi, la hermana menor, es quien termina siendo raptada, es entonces donde Naruto y los demás deberán rescatarla y vencer a Toneri Ōtsutsuki antes de que sea demasiado tarde y así descubrir las verdaderas intenciones de Ōtsutsuki.
La mega corporación "Grupo Daedalus" está bajo los ataques un de pequeño grupo de activistas conocidos como Los Fantasmas de Icarus. Mientras están cuidando de algunos de las víctimas del bombardeo, Black Jack se encuentra con el doctor Kiriko, también conocido como La Encarnación del Mal, quien, al igual que él, le pide a sus pacientes grandes sumas de dinero, pero en lugar de salvarles, les ofrece una muerte sin dolor. Cuando el grupo activista solicita la colaboración de ambos doctores, Black Jack se encuentra atrapado en una espiral de vida, muerte y traición, mientras intenta salva la vida de sus pacientes, y evitando una guerra biológica que podría destruir la humanidad.
