거대한 전설을 넘어설 새로운 시대가 시작된다!
지켜야 하는 소중한 가치를 위해 닌자는 강해진다!
그리고 지금, 역대 최강! 사상 최대! 대격돌이 펼쳐진다! 오랜 세월에 걸친 전쟁이 끝나고 고도성장을 이룬 새 시대, 평화의 시대를 이끌고 있는 것은 전설이 된 7대 호카게 우즈마키 나루토다. 분신술로도 감당하지 못할 만큼 바쁜 나날을 보내는 중에 나뭇잎 마을에서는 다섯 마을 통합으로 개최되는 중급닌자 선발시험이 한창이다. 각 마을을 대표하는 3인 1조의 하급 닌자들! 사스케의 딸이자 나루토를 동경하는 사라다와 수수께끼를 지닌 우수한 닌자 미츠키, 그리고 재능을 갖췄으면서도 나루토를 망할 아빠 취급하는 보루토도 참가 중이다. 마을의 영웅이지만 너무나 바쁜 아버지가 늘 미웠던 보루토는 ‘나루토의 유일한 라이벌’인 사스케의 제자가 되어 아버지를 놀라게 하는데… 마지막 개인전이 치뤄지던 그 순간! 차크라콜렉터 모모시키와 킨시키가 나타나 나루토의 차크라를 노리며 공격해온다! 나루토는 필사의 각오로 사람들을 구하지만 모모시키의 술법에 이공간으로 사라지고 만다. 그제서야 아버지의 걸어온 길과 그 무게를 느낀 보루토는 스승인 사스케, 다섯 카게들과 아버지를 구하기 위한 길을 나선다!
나루토와 사스케가 인연의 대결을 결판 지었던 2년 후 아직 전하지 못한 마음, 그 숨겨온 마음의 행방은…? 전쟁이 끝나고 평화로운 나뭇잎 마을. 나루토는 이제 전쟁 영웅이 되어 마을의 인기를 한 몸에 받는 인기남이 되어 있다. 그런 나루토를 바라보는 히나타는 자신의 마음을 전하기 위해 남몰래 짠 목도리를 나루토에게 전하고 싶지만 아직 전하지 못하고 있다. 그때 갑자기 의문의 남자가 나타나고, 그는 “너희는 곧 멸망할 운명이다. 그 전에 히나타, 널 꼭 맞이하러 오지.”라는 기묘한 말을 남긴 채 사라진다. 육도선인의 동생은 달에 쫓겨가 살고 있는데 그의 후손인 오오츠키 토네루는 권력 암투와 대결에 집중하는 지구를 보고 육도선인의 지구는 이미 실패했다고 생각한다. 이제 토네루는 달과 지구를 충돌시켜 지구를 폭파하려고 하는데… 의문의 남자 정체는 차크라의 시초이자 과거에 나루토, 사스케와 사투를 벌였던 오츠츠키 카구야의 후손. 괴뢰군을 거느린 토네리가 나타나 압도적인 힘으로 나루토 일행을 물리치고, 히나타는 결국 그의 손에 넘어간다. 그 무렵 지상에서는 쏟아지는 운석을 막는 장렬한 방어전이 한계에 다다르고 있다. 마침내 드러난 ‘진정한 최종 계획’이란?! 다가오는 지구 최후의 날, 저마다 굽힐 수 없는 마음이 시간을 초월하여 격돌한다!
어느 날 빌딩 폭발 사건이 발생한다. 경찰은 과격단체의 소행으로 규정짓고 사고를 조사 중이지만, 실제로 이 모든 사고는 다이다루스 그룹의 회장의 소행이다. 회장은 사탄이라는 세균을 유포시켜 전 세계를 공포에 떨게 만들고 아울러 동시에 백신 사업을 통해 어마어마한 부를 축적하고자 하는 계획하에 이 모든 것을 주도하였다. 하지만 백신을 개발한 동료는 백신과 함께 이 사업의 위험성을 감지하고 죽어 버렸으며 백신을 개발하기 위해 외딴섬에 사람을 들여놓고 임상 실험을 하게 된다. 하지만 회장을 자기의 후원 교수로 알고 백신을 개발하던 로크의 여자친구가 감염이 되어 블랙잭을 납치한 후 여자 친구를 구하고자 하던 중 블랙잭도 이 사건에 휘말리게 되고, 또한 죽음의 의사인 블랙잭 키리코 역시 이 섬에 초대된다. 한편 후원 교수가 다이다루스 그룹의 회장임을 알게 된 로크는 회장 일당과 목숨을 건 사투를 벌이는데...
