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Gene trabaja com asistente de Pompo, una directora de cine de bajo presupuesto, un día descubre un guion escrito por ella con el que queda cautivado y le pide convertirlo en una producción. Sin embargo, Pompo le asigna la dirección de esta película, ¿Podrá con esta responsabilidad?
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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All Might y Deku aceptan una invitación para visitar una ciudad flotante llamada I Island donde conocen a una chica y pelean contra un villano que tiene a toda la isla de rehén.
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Luffy y el resto de Piratas de Sombrero de Paja deciden poner rumbo a una embarcación dorada y con muchas luces de neón de 10 kilómetros de largo. Es tan grande como una ciudad, reconocida como país independiente por el Gobierno Mundial y como la mayor ciudad del entretenimiento del mundo bajo el nombre de Gran Tesoro. Allí, piratas, marines y millonarios se dan cita en un “santuario absoluto” fuera del alcance del Gobierno Mundial gracias a la riqueza del Rey del Casino, Gildo Tesoro, un hombre del que se dice que posee un 20% del dinero del mundo. Pero no es oro todo lo que reluce y Gildo Tesoro se dispone a satisfacer su ambición sin límites, algo que podría cambiar para siempre las relaciones de poder del mundo… ¿Qué les espera allí a Luffy y a sus amigos? ¿La gloria eterna o una oscuridad insondable?
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Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!
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Los Cazadores más fuertes que alguna vez existieron en la Asociación de Cazadores se dividieron en "luz" y "oscuridad", y cada uno recorrió sus respectivos caminos. ¡El lado "oscuro" comienza a moverse para masacrar a todos los Cazadores! ¿Qué acciones tomará Gon cuando se den a conocer los numerosos crímenes de Netero y la Asociación de Cazadores ...?!
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One day, Mana Aida receives a wedding dress from her mother and grandmother that they had worn in the past. While thinking about who she would wear this beside someday, a mysterious man named Marsh appears, and Mana is thrown back into the past. She was happy to see her grandmother she loved and her old dog Maro, but she then realizes that Alice and Rikka aren't there because memories have been altered. In order to save precious memories, the future, dreams and hope, Mana transforms into Cure Heart.
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Gracias a la Fuerza Marítima se celebra una visita a la nave Aegis en el puerto de Kyoto. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan de un viaje con la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver es de uno de los oficiales de la marina! Conan descubre que está a bordo el espía 'X'. ¿Quién es? ¿Cuál es su relación con el barco? ¡Dentro del basrco se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!
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Kogoro Mouri recibe una llamada telefónica y un coche estalla delante de sus ojos. Ahora él, junto a su hija Ran y Conan, deberá descifrar un mensaje en clave dejado por el culpable antes de que una siguiente bomba estalle. Las amenazas y juegos del autor de la bomba seguirán hasta que Conan le descubra.
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Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.
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Una serie de asesinatos destruye la vida de antiguos miembros de una academia de música dirigida por un famoso pianista. Conan y compañía son invitados a la apertura del salón de conciertos en honor a ese pianista. La característica principal del concierto son los tonos de 'Bach trembled', un tipo de música tocada con el Órgano de pipa, el famoso violín 'Stradivarius', y la voz perfecta de una vocalista. Sin embargo, comienzan a suceder muchos incidentes sospechosos antes del concierto.
