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敏腕映画プロデューサー・ポンポさんのもとで製作アシスタントをしているジーン。映画に心を奪われた彼は、観た映画をすべて記憶している映画通だ。映画を撮ることにも憧れていたが、自分には無理だと卑屈になる毎日。だが、ポンポさんに15秒CMの制作を任され、映画づくりに没頭する楽しさを知るのだった。 ある日、ジーンはポンポさんから次に制作する映画『MEISTER』の脚本を渡される。伝説の俳優の復帰作にして、頭がしびれるほど興奮する内容。大ヒットを確信するが……なんと、監督に指名されたのはCMが評価されたジーンだった！ ポンポさんの目利きにかなった新人女優をヒロインに迎え、波瀾万丈の撮影が始まろうとしていた。
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4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。
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白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「Ｉ・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「Ｉ・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵（ヴィラン）にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。
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海賊王になることを夢見て、新世界を航海するモンキー・D・ルフィをはじめとする麦わらの一味。彼らは、世界最大のエンターテインメントシティである政府公認の独立国家、グラン・テゾーロを訪れる。世界に名をとどろかせる海賊や海兵、大富豪が集まる、その華やかな様子に圧倒されるルフィたち。そんなグラン・テゾーロを支配し、ばく大な金の力で世界政府をも操る黄金帝ギルド・テゾーロは、ある野望を抱いており……。
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東京の街を一望できるベルツリータワーのオープニングセレモニーで絶景を楽しむコナンたちの目の前で男が狙撃される。コナンは女子高校生探偵の世良真純とともに犯人を追うが、惜しくも逃げられてしまった。超長距離からの狙撃という前代未聞の事態に、ある事件との関連を疑う米FBIと日本の警察との合同捜査が開始される。やがて、捜査線上に米海軍特殊部隊シールズに所属していた狙撃手が浮かび上がり……。
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天空闘技場で開催されるフロアマスターによる戦い「バトルオリンピア」。その大会にズシが参加することでウィングに招待されたゴンとキルアは、ゲスト来場していたネテロ会長と再会を果たす。しかし大会開催直前、謎の秘密組織「影（かげ）」に天空闘技場を占拠され、不意をつかれたネテロ会長は「怨」によって念を封じられてしまう。 会長の救出に向かうゴンとキルアだが、「影」のメンバーや彼らによって怨能力を与えられたフロアマスターたちが立ち塞がる。果たしてゴンたちは「影」を打ち破り、ネテロ会長を救出できるのか。そして、「影」を率いる隊長・ジェドとネテロ会長との因縁とは…。
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マナは、祖母の五十鈴と母のあゆみが着たというウェディングドレスをあゆみから貰う。「このドレスを着るのはいつだろう」とマナが思っていた時に、謎の男マシューが現れ、過去の世界へ飛ばされてしまう。過去の世界で亡くなった祖母の五十鈴やかつて飼っていた愛犬のマロと再会するが、六花やありすがおらず、思い出が書き換わったと知る。このままでは過去も未来も変わってしまうと、それを守るため行動を起こす。
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京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る！
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東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは？ 犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？ やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった！
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東京から長野まで、1都3県で6人が殺される事件が発生。いずれの現場にも、印の刻まれた麻雀牌が残されていたことから警察は広域連続殺人事件とみて捜査を始める。探偵・毛利小五郎も出席する捜査会議についてきたコナンは、捜査会議の後、黒ずくめの組織の車を目撃する。一連の事件と黒ずくめの組織との関連は？ コナンは謎の組織を相手に危険な事件に立ち向かうことになる。
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高名な元ピアニスト堂本一輝が率いる音楽アカデミーの出身者ばかりを狙った連続殺人が発生。そんな中コナンたちは彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた。コンサートの目玉は、バッハが弾いたとされるパイプオルガンとバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手・秋庭怜子の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める……。
