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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Tokyo, invierno. A raíz de la aplicación de la Ley de Protección de la Juventud, los menores tienen prohibido circular por las calles después de las nueve de la noche y el uso de internet está regulado. Sin embargo, un grupo llamado Sirrut sigue luchando por la libertad de los más jóvenes. Sus indagaciones les llevan hasta Tower, una misteriosa organización que supuestamente lleva a cabo experimentos con seres humanos en los que hay gente que es devorada.
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Lufry y compañia van detrás de la espada de 7 estrellas, una espada maligna que destruira todo a su paso si no es detenida, sin embargo en esta ocasión Zoro será engañado por Saga, un amigo de su infancia, que le hará ponerse contra sus compañeros.
