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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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Shibuya, Tóquio, está agitada com a temporada de Halloween. Um casamento está sendo realizado em Shibuya Hikarie, onde a detetive Miwako Sato, do Departamento de Polícia Metropolitana, está vestida com um vestido de noiva. Enquanto Conan e os outros convidados assistem, um agressor aparece de repente e o detetive Wataru Takagi, que estava tentando proteger Sato, fica ferido. Takagi sobreviveu e a situação foi resolvida, mas aos olhos de Sato, a imagem do ceifador que ela viu quando o detetive Matsuda, o homem por quem ela estava apaixonada, foi morto em uma série de atentados há três anos, coincidiu com Do Takagi.
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Após a aplicação de uma nova lei de Proteção da Juventude, os menores de idade estão proibidos de circular nas ruas à noite e o uso da Internet é regulada pelo governo. No entanto, os jovens continuam a lutar por sua liberdade através de métodos clandestinos. Um grupo chamado Sirrut, declarou guerra à Fumito Nanahara, um homem que possui grande influência política e econômica. Então, o grupo se utiliza da melhor arma que possuem: a Internet. E enquanto procura por mais informações sobre o inimigo, eles se deparam com uma série de lendas urbanas referentes à existência da "Torre", uma organização secreta, onde aparentemente Fumito faz parte. Os boatos que correm são sobre a realização de experiências envolvendo seres humanos. Determinados a expor a verdade ao público, os membros do Sirrut começam a investigar.
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Em Asuka Island , os Chapéus de Palha aprendem sobre Shichiseiken , que é considerada a mais bela espada no Mundo e também um tesouro valioso , embora contenha uma maldição mortal . Quando eles retornam ao navio, eles percebem que Zoro, que devia atuar como guarda, está faltando, mas eles são forçados a deixar o porto quando eles são atacados por fuzileiros navais. Eles então deixam o navio em outra seção da ilha e se deparam com uma aldeia, cujo trabalho é manter o Seven Stars Espada selado. Que é logo atacado por fuzileiros navais que estão tentando libertar a espada de entre os quais é Zoro! Que razão poderia ter Zoro para fazer isso? Qual é o segredo da espada? Por que a Marinha a quer ? As respostas estão na noite da lua vermelha.
