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Conan Edogawa se propone aprehender a Lupin III, sospechoso de robar una valiosa joya.
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La historia comienza con una amenaza contra el gobernador de Tokio, pero la rapidez mental de Conan evita que haya víctimas cuando un túnel de metro se derrumba. Conan comprende que puede haber una conexión con un pueblo que fue trasladado para la construcción de una presa, e intenta parar al criminal antes del siguiente ataque
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Algo peligroso es robado de un laboratorio por una misteriosa organización, el grupo terrorista 'El siamés rojo', y amenazan con volver a aparecer en siete días. Mientras tanto, Jirokichi Suzuki acaba de terminar el dirigible más grande del mundo, el 'Bell Tree II', el gran proyecto para poder capturar a su rival, Kaito Kid. Kid responde al reto y los medios están al tanto de esta batalla que tiene como escenario el cielo. En el dirigible viajan el inspector Nakamori, Kogoro, Ran, Conan y la liga juvenil, invitados de Jirokichi, y también algunos reporteros.
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Shiki "El León Dorado" que desea traer el infierno a la Tierra es el unico hombre que ha escapado de la gran prisión Impel Down. Justo después de su salida de Thriller Bark la Tripulación del Sombrero de Paja y Shiki entra en un enfrentamiento, Shiki secuestra a Nami, entonces Luffy y sus compañeros se embarcan en su búsqueda.
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Tras una serie de asesinatos en Tokio y Kanagawa, policías de todo Japón se reúnen para asistir al encuentro relacionado con el caso. Conan ve como un hombre entra en el coche de Gin y sospecha que el caso está relacionado con los hombres de negro. Uno de ellos se hace pasar por un miembro de la policía y va en busca de un disco de memoria de su organización.
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El pasado de Rukia que ahora es revelado. La "verdad" que está encerrada dentro del recuerdo de la oscuridad. Alguien con un objeto parecido a una hoz ha atacado a Mayuri, quien estaba en su laboratorio. Mayuri, quien de repente perdió el control, golpeó su tablero de control de su laboratorio. Entonces, de pronto el Sereitei estaba cubierto por una nube de reiatsu y atrapó a los shinigamis dentro de una fortaleza. Cuando Kenpachi entra corriendo al laboratorio de Mayuri hubo una enorme explosión de reiatsu que destruyó al Seireitei. Observando la destrucción del Seireitei desde lejos, una sombra aparece frente a Rukia, quien estaba impresionada por el repentino incidente. La hoz se dirige hacia ella y algo en Rukia desaparece. Al mismo tiempo Ichigo siente peligro y va hacia la tienda de Urahara. Ahí escucha de Urahara sobre "la aniquilación del Seireitei" y se dirige a la Sociedad de Almas junto a Kon.
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Un hombre enmascarado con katana y arco ha matado a un hombre en Tokyo, aparentemente también ha sucedido lo mismo en Kyoto y Osaka. Por este motivo llaman a Kogoro para resolver el caso, acompañado de Conan y Ran. Además al grupo también se unirá Heiji, quién conocerá a su primer amor. (FILMAFFINITY)
