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O enredo segue Conan Edogawa, que decide apreender Arsène Lupin III, o suspeito de roubar uma joia chamada de Safira De Cereja.
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O governador de Tóquio, Yuichiro Asakura, recebe uma carta ameaçadora um dia antes da inauguração da Linha Touto, uma nova linha de trem para o metrô de Tóquio. Durante a cerimônia de abertura da linha, Conan Edogawa e os Detetive Boys são conduzidos pelo Professor Agasa e passam pela Linha Touto. Conan, tendo ouvido falar da carta ameaçadora, percebe explosivos conectados à ferrovia de Touto; Usando sua voz original para informar a polícia como Shinichi Kudo, ele é capaz de parar o trem e desviar o tráfego dos explosivos, evitando qualquer morte.
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Um grupo terrorista invade um laboratório contendo uma bactéria mortal e destrói o laboratório com uma explosão. Posteriormente, eles anunciaram pela internet que tomaram posse da bactéria e se declararam os Red Siamese Cats, um grupo terrorista que foi erradicado há uma década.
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O East Blue está em crise? A notícia atinge os Chapéus de Palha ao longo de sua jornada. Com suas cidades natais enfrentando momentos difíceis, Luffy e seus amigos colocam suas aventuras em espera e decidem voltar para o East Blue, quando de repente um misterioso navio pirata aparece voando no céu. O homem que dirigi o navio não é outro senão o usuário de Akuma no Mi, Shiki “O Leão Dourado”, o mesmo lendário pirata que conseguiu escapar da grande prisão submarina Impel Down, e ficou entre os mais infames piratas como o “Rei dos piratas” Gol D. Roger e Barba Branca. Depois de sequestrar Nami por suas habilidades de navegação intuitivas, Shiki envia Luffy e sua tripulação hurdling para baixo a suas próprias ilhas flutuantes pessoais. Separando, a tripulação encontram-se então colocados em uma batalha de sobrevivência com feras terríveis em ambientes misteriosos.
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Um novo membro da Organização Negra que encolheu o corpo de Shinichi consegue descobrir sobre a transformação de Shinichi em Conan. Esta descoberta começa a colocar aqueles ao seu redor em perigo, pois Gin e os outros membros da Organização Negra começam a agir.
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Alguém que porta uma foice ataca Mayuri, que estava em seu laboratório. Mayuri subitamente fica fora de controle e acaba acertando o painel de controle de seu laboratório. Com isso, toda a Seireitei fica coberta por uma nuvem de partículas espirituais, aprisionando todos os Shinigamis dentro de um casulo.
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Mouri Kogoro é chamado para um caso especial na antiga capital de Kyoto. Lá, Conan encontra Heiji e eles se unem mais uma vez para resolver o caso, recuperar a estátua do Buda da Cura roubada e até mesmo descobrir a identidade do primeiro amor de Heiji.
