La historia se centra en el personaje de Kurapika, el cual se convirtió en Hunter para vengarse del Genei Ryodan por la masacre de su clan. En la película a Kurapika le roban los ojos especiales de su clan, pero gracias a Gon, Killua y Leorio, consigue salvar la vida. La Tropa Fantasma aparece ante Kurapika y el resto, los cuales descubrirán la identidad del hombre con la araña número 4.
Kogoro Mouri recibe una llamada telefónica y un coche estalla delante de sus ojos. Ahora él, junto a su hija Ran y Conan, deberá descifrar un mensaje en clave dejado por el culpable antes de que una siguiente bomba estalle. Las amenazas y juegos del autor de la bomba seguirán hasta que Conan le descubra.
