세계 7대 미색 중 하나인 ‘붉은 눈’을 가진 쿠르타족. 위험도S 클래스의 도적집단 환영여단은 이를 노리고 크라피카만을 남겨둔 채, 쿠르타족 전원을 잔인하게 몰살 시킨다. 유일하게 살아남은 크라피카는 오직 일족의 복수를 위해 헌터가 되기로 결심한다. 헌터가 되기 위한 여행 도중, 각기 다른 이유로 최고의 헌터를 꿈꾸는 곤, 키르아, 레오리오를 만나 우정을 쌓는다. 그러나 즐거움도 잠시, 크라피카마저 속수무책으로 붉은 눈을 빼앗기고 마는데… 드디어 밝혀지는 크라피카의 비밀! 피할 수 없는 운명을 건 복수! "헌터X헌터" 사상 단 한 번도 드러나지 않았던 이야기가 지금 시작된다!
어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고 전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형 참사는 겨우 막지만 축구 경기장의 대형 전광판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다. 그리고 또 다시 도전장과 같은 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!? 축구계 전체를 둘러싼 음모와 위협 속에서 암호를 해독하고 진실을 밝혀라!
