Mass Effect: Paragon Lost es la precuela de Mass Effect 3 y sigue la carrera militar del Marine de la Alianza, James Vega. Vega conduce a una escuadrilla de Fuerzas Especiales de elite en la batalla contra una amenaza misteriosa conocida como los Recolectores. Mandado a una colonia en un sistema lejano, Vega y sus soldados deben proteger a los civiles de una invasión despiadada y determinar la razón por la que estos seres capturan a la población para objetivos desconocidos.
Una serie de asesinatos destruye la vida de antiguos miembros de una academia de música dirigida por un famoso pianista. Conan y compañía son invitados a la apertura del salón de conciertos en honor a ese pianista. La característica principal del concierto son los tonos de 'Bach trembled', un tipo de música tocada con el Órgano de pipa, el famoso violín 'Stradivarius', y la voz perfecta de una vocalista. Sin embargo, comienzan a suceder muchos incidentes sospechosos antes del concierto.
En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".
Conan viaja a la isla Koumi junto a Kogoro, Ran, Sonoko, Agasa y la Liga de Detectives Juveniles. Un misterio lleva a los niños a ir resolviendo un mapa del tesoro mientras que Ran y Sonoko hacen buceo. Finalmente la historia de dos mujeres piratas y su barco escondido se entrelazarán y darán mucho juego en una aventura increíble. Ran se vera envuelta en un problema que Conan deberá resolver.
