A animação segue o começo da carreira de James Vega, enquanto ele lidera um esquadrão de elite das Forças Especiais em batalha contra uma ameaça aliens conhecida como The Collectors. Baseado em uma colônia em um sistema estrelar remoto, Vega e seus soldados devem proteger os civis dessa cruel invasão.
Assassinatos em série envolvendo todos os tipos já aconteceram. Todas as vítimas são de uma escola de música dirigida por um famoso pianista. Conan e companhia foram convidados para um concerto de abertura do Music Hall construído pelo pianista. A maior atração deste show é o violino mundialmente famoso chamado de "Stradivarius" e uma participação especial de um cantor que tem afinação perfeita.
Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.
A Ilha de Koumi, uma bela ilha no Oceano Pacífico. Na ilha, as pessoas passam uma velha lenda de geração em geração de que existia o Palácio do Fundo do Mar, uma antiga ruína no fundo do mar, onde o tesouro de 2 mulheres piratas, Anne Bonnie e Mary Reed (que realmente existiram 300 anos atrás), foi deixado. Quando Conan e seus amigos visitam a Ilha Koumi durante as férias, eles encontram alguns caçadores de tesouros. Havia algo de suspeito sobre eles.
