En Fujisawa, donde los cielos son brillantes y los mares brillan, Sakuta Azusagawa está en su segundo año de secundaria. Sus días felices con su novia y estudiante de último año, Mai Sakurajima, se ven interrumpidos con la aparición de su primer amor, Shouko Makinohara. Por razones desconocidas, se encuentra con dos Shouko: una en la escuela secundaria y otra que se ha convertido en una adulta. Cuando Sakuta se encuentra impotente viviendo con las dos Shouko, la versión adulta causa una gran grieta en su relación con Mai. En medio de todo esto, descubre que la otra Shouko de escuela secundaria sufre de una enfermedad grave y su cicatriz comienza a latir ...
Un espacio flotante sin gravedad donde un número infinito de luces brillan en diferentes colores: la "Caja de la Sabiduría". Dentro de este cuadro, hay múltiples mundos, múltiples líneas de tiempo, y solía haber muchas personas diferentes. Aquí es donde Dual y Dorothy estaban luchando con enemigos llamados "Virus". Los mundos infectados por virus deben ser borrados. Ese es el deber, el trabajo de estas chicas. Sin embargo, un día, Dual y Dorothy sienten la presencia de un nuevo Virus. Al llegar a la escena, ven a una niña siendo atacada por virus. Después de salvar a la niña, el dúo espera a que ella despierte para poder preguntar quién es, de dónde viene y a dónde va. Finalmente, cuando la niña abrió los ojos, dio su nombre, Rimo, y susurró solo una frase ... "Debo volver al parche de flores ..."
Ohana se ha acostumbrado a vivir en la posada de aguas termales que dirige su abuela, el Kissuisou. Un día, la hija del hotel rival, Yuina, llega al Kissuisou para entrenarse y así convertirse en gerente por sus propios medios. Como Ohana vigila su entrenamiento, se encuentra "cierto objeto" en el almacén mientras limpia.
