Em Fujiwara, onde os céus brilham e os mares brilham, Sakuta Azusagawa está em seu segundo ano do ensino médio. Seus felizes dias com sua namorada e veterana, Mai Sakurajima, são interrompidos com a aparição de sua primeira paixão, Shoko Makinohara. Por razões desconhecidas, ele encontra duas Shokos: uma no ensino médio e outra que se tornou adulta.
Como Sakuta se vê vivendo desamparado com Shoko, a Shoko adulto o leva pelo nariz, causando uma enorme brecha em seu relacionamento com Mai. Em meio a tudo isso, ele descobre que Shoko, do ensino médio, está sofrendo de uma doença grave e sua cicatriz começa a latejar…
Dual e Dorothy são dois antivírus que cuidam para que nenhum problema aconteça no sistema. Elas escaneiam diversos mundos paralelos, que na verdade são backups do nosso mundo, e deletam os mundos que estiverem contaminados. Certo dia, uma menina aparece no mundo virtual delas. Quem é essa menina? O que ela faz ali? Ela é um programa, como Dual e Dorothy, ou uma humana? Juntas, as três meninas embarcam pelos diversos mundos de backup a procura de respostas e, pela primeira vez, Dual e Dorothy questionam a própria existência.
Ohana acabou se acostumando a viver na pousada que sua avó possui, Kissuisou. Um dia, a filha de um gerente da uma concorrente de Kissuisou, Yuina, vem para a pousada para aprender a se tornar uma dona de pousada. Conforme Ohana cuida de seu aprendizado, ela encontra "um certo item" num depósito enquanto faz faxina.
