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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Como Ash Ketchum se queda dormido el día de su décimo cumpleaños, termina recibiendo un Pikachu terco en vez del primer Pokémon inicial que quería. Pero, después de un comienzo un tanto complicado, Ash y Pikachu se convierten en buenos amigos y compañeros, y, cuando consiguen vislumbrar volando al Pokémon legendario Ho-Oh, hacen planes para ir a buscarlo juntos, guiados por el Ala Arcoíris que se deja atrás.
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Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!
