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전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.
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포켓몬 트레이너의 자격을 얻을 수 있는 10살이 되는 아침을 맞이한 지우는 오박사 연구소에서 파트너 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 자게 되고 마지막으로 남아 있는 낯을 가리고 사람을 잘 안 따르는 포켓몬 피카츄와 파트너가 된다. 첫만남부터 티격태격하며 우정을 쌓아가던 중 우연히 전설의 포켓몬을 목격하게 된 지우와 피카츄는 다시 한번 전설의 포켓몬을 찾아 떠나기로 약속하는데...
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높이 635m를 자랑하는 벨트리 타워의 오프닝 행사. 타워 전망대에서 절경을 즐기던 코난 일행의 눈 앞에 어디선가 날아온 총탄이 한 남자의 가슴을 꿰뚫는다! 코난은 총탄이 날아온 곳에 서있는 검은 그림자를 발견하고, 여고생 탐정 양세라와 함께 저격범을 추격하는데... 수류탄과 기관총으로 중무장한 범인을 쫓던 그들은 위기에 처한 순간 나타난 FBI 수사관 조디 일행의 도움으로 가까스로 위험에서 벗어나지만, 범인은 바다에 뛰어들어 자취를 감추고 만다
