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Cuando la explosión de una fábrica hace que el tiempo se detenga en su pequeña ciudad, el joven Masamune y sus amigas se enfrentan a un mundo que se derrumba rápidamente.
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Un espacio flotante sin gravedad donde un número infinito de luces brillan en diferentes colores: la "Caja de la Sabiduría". Dentro de este cuadro, hay múltiples mundos, múltiples líneas de tiempo, y solía haber muchas personas diferentes. Aquí es donde Dual y Dorothy estaban luchando con enemigos llamados "Virus". Los mundos infectados por virus deben ser borrados. Ese es el deber, el trabajo de estas chicas. Sin embargo, un día, Dual y Dorothy sienten la presencia de un nuevo Virus. Al llegar a la escena, ven a una niña siendo atacada por virus. Después de salvar a la niña, el dúo espera a que ella despierte para poder preguntar quién es, de dónde viene y a dónde va. Finalmente, cuando la niña abrió los ojos, dio su nombre, Rimo, y susurró solo una frase ... "Debo volver al parche de flores ..."
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Osamu Fujimoto es asesor e hijo del primer ministro al que han asesinado. El suceso, bautizado como el mayor acontecimiento desde la guerra, hace que Osamu colabore con la Mayor Kusanagi y la Sección 9, para descubrir la verdad detrás del asesinato.
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Tokyo, invierno. A raíz de la aplicación de la Ley de Protección de la Juventud, los menores tienen prohibido circular por las calles después de las nueve de la noche y el uso de internet está regulado. Sin embargo, un grupo llamado Sirrut sigue luchando por la libertad de los más jóvenes. Sus indagaciones les llevan hasta Tower, una misteriosa organización que supuestamente lleva a cabo experimentos con seres humanos en los que hay gente que es devorada.
