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突然起こった製鉄所の爆発事故により全ての出口を失い、時まで止まってしまった町で暮らす中学三年生の正宗。いつか元に戻れるように、住人たちは変化を禁じられ鬱屈した日々を過ごす中、謎めいた同級生の睦実に導かれ、製鉄所の第五高炉へと足を踏み入れる。そこにいたのは喋ることのできない、野生の狼のような少女―。二人の少女と正宗との出会いが世界の均衡を崩していき、日常に飽きた少年少女たちの、止められない<恋する衝動>が世界を壊し始める―。
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2100年人類滅亡!?
色とりどりの光がきらめき浮遊している無重力の空間――「知識の箱」。
デュアルとドロシーはそこで敵と戦っていた。 敵、それは世界を侵食する存在――ウイルス。
ウイルスに汚されてしまったデータは消去しなければいけない。
それが彼女たち 「アンチウイルスプログラム」 の使命だった。
「知識の箱」 には、地球上のあらゆる時代やさまざまな場所が記録 (バックアップ)されていた。
そのデータを収集している存在こそが「マザー」。
「ViOS」というこの世界をつかさどるシステムの中で動いている環境管理プログラムだった。
人類の死滅した世界で「マザー」はデータを集め続けていたのだ。
あるときデュアルとドロシーは、ウイルスに襲われているひとりの少女を救う。
「リモ」と名乗る少女は記憶のほとんどを失っていた。
デュアルとドロシーは、リモの正体を探すために、 この 「知識の箱」をめぐりはじめる。
「マザー」の真意とは? ウイルスがなぜ発生するのか? リモの正体とは?
一一旅の果てに少女たちは真実を目撃する。
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2029年3月、総理大臣暗殺事件という戦後最大の事件が発生した。 被害者の中には草薙素子のかつての上司、501機関のクルツもいた。バトーやトグサたち寄せ集めメンバーと捜査を開始する草薙。 「お前たちは私のパーツだ。パフォーマンスを発揮出来ないヤツはパージする」と言い放つ草薙に、「俺たちはパーツか?」と反発するメンバー。 事件の背後にあったのは、戦後の義体開発の行く末を左右する技術的障害【デッドエンド】をめぐる政治的取引。 さらに「洗脳・ゴーストへの侵入・疑似記憶の形成」を一度に行う電脳ウィルス【ファイア・スターター】の存在も見え隠れする。 そして、事件を捜査する中で掴んだ手がかりは、草薙の秘められた生い立ちにも繋がっていたのだった……。暗躍する謎のサイボーグ。 総理大臣暗殺の真相。“第三世界”の存在。その先に待ち構える罠。たった1人で己の“戦場”に向かう草薙は、後に残すメンバーに最後の“命令”を告げる。 「自分のゴースト(魂)に従え」。残された6人が己のゴーストに従う時、はぐれ者の寄せ集め集団は最高のパフォーマンスを発揮するチームへと変化する。 “攻殻機動隊”誕生の瞬間に、世界は震撼する―。
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東京では青少年保護条例が敷かれ、未成年の夜間外出やインターネットの利用が制限されていた。水面下で戦う若者たちのチーム、サーラットは、東京を支配する七原文人の背後にある秘密組織“塔”が実験で人間を使っているという情報をキャッチする。一方、サーラットのメンバーは、塔の目的を調べるために地下鉄を調査していたが、そこに異形のモノが出現。すると日本刀を手にした少女、小夜が現われる。