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La espectacular batalla entre los Evangelion, las máquinas de combate definitivas creadas por la humanidad, y las insondables entidades conocidas como ángeles se intensifica hasta alcanzar el punto de ruptura a partir del cual ya nada volverá a ser como antes. Bajo el incesante ataque invasor, la agencia NERV activa dos nuevas unidades de Eva pilotadas por la misteriosa Mari Illustrious Makinami y la agresiva Asuka Langley Shikinami. Por su parte, Shinji Ikari trata de soportar la presión del gran destino que le ha sido encomendado como piloto del Eva 01 con el único propósito de ganarse el afecto de su padre. Pero Gendo Ikari tiene su propia agenda secreta que incluye utilizar a su hijo y a la enigmática Rei Ayanami para despertar al Eva 01 y provocar el Tercer Impacto mucho antes de lo previsto.
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En 1999 un cataclismo ocurre en la Antártida llamado "El Segundo Impacto" como resultado de un incidente ocasionado por unos seres conocidos como "Ángeles". Gran parte de la Tierra quedó devastada por el fenómeno, aunque gradualmente se va recuperando. Años después, los "Ángeles" regresan y comienzan a atacar a la Tierra. La organización NERV revela su nuevo proyecto con miras a salvar el mundo: gigantes y bio-mecánicos robots conocidos como Evas que son unos de las pocas fuerzas sobre la Tierra capaces de enfrentar a los "Ángeles".
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Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.
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La acción se desarrolla en un universo alternativo, en el que Sakura es la princesa de Clow, un mundo misterioso. Syaoran, un amigo de la infancia, se ha enamorado de ella a pesar de su diferente nivel social. En la excavación arqueológica en la que éste trabaja, Sakura detona un extraño artefacto que dispersa sus recuerdos en otras realidades en forma de plumas. Para salvar a Sakura, Syaoran hará un trato con la Bruja del Espacio-Tiempo: a cambio de permitirle viajar a otras dimensiones en busca de las plumas, la bruja borrará todo recuerdo de su existencia de la memoria de Sakura. Syaoran acepta desinteresadamente su petición diciendo "Yo sólo quiero salvar a Sakura, aunque ella no recuerde que existo". Le ayudarán a recuperar las plumas de Kurogane, un poderoso ninja; Fye, un mago y Mokona, la única persona capaz de localizar las plumas y abrir las puertas a otros universos.
