Sachiko Okumura

Continuando de onde o último filme ("Evangelion 1.11: Você (Não) Está Só") parou, o filme começa com uma nova criança, Mari Illustrious Makinami, que pilota a Unidade 05 para destruir o Terceiro Anjo que ataca a base ártica da NERV.

Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.

Ano 2034. Faz dois anos que Motoko Kusanagi deixou a Seção 9. Togusa é o novo líder da equipe que tem agora uma abordagem mais pessoal dos casos. A nova e melhorada Seção 9 lida com questões complexas e investiga uma série de eventos interligados que estão sendo manipulados por um ultra-hacker conhecido como Puppeteer (O Mestre dos Bonecos). No filme, a Seção 9 lida com incidentes planejados quase que matematicamente. Mas quem é o Mestre dos Bonecos? E qual a verdadeira intenção dele ao criar essas "coincidências"?

Em sua jornada contínua para encontrar as penas que são os fragmentos da memória perdida de Sakura, Syaoran, Kurogane, Fai e Sakura se movem através do tempo e do espaço com Mokona. Aqui, eles visitam a "Terra da Gaiola", um país aparentemente pacífico onde pessoas e pássaros vivem juntos, cada um tendo um companheiro de pássaros. Depois que um menino chamado Koruri confunde Syaoran e Sakura por "guarda-costas" e os ataca, eles descobrem que o rei do país possui um poder misterioso. A princesa Tomoyo, Koruri e os outros cidadãos oprimidos, tendo seus pássaros tirados deles, vivem escondidos dentro da floresta. A fim de recuperar a pena de Sakura, Syaoran e os outros se levantam contra o rei intrigante.