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Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
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La boda de los detectives Sato y Takagi se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce la fuga de la cárcel de un terrorista, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.
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Japón celebra el inminente comienzo de los 'World Sports Games', el evento deportivo más grande del mundo, que tendrá lugar en Tokyo. La denominada 'Bala Japonesa', un tren de última generación, ha sido creado específicamente para coincidir con el comienzo de la ceremonia de apertura de la WSG. Se prevé que su recorrido empiece en la estación de Shin Nagoya y termine en la estación central de Tokyo a unos 1.000 kilómetros por hora. Sin embargo, un extraño incidente tiene lugar en la fiesta de uno de sus mayores sponsors publicitarios, lo que lleva al rapto de algunos de los ejecutivos más importantes de la compañía. Conan deduce que estos raptos pueden tener algo que ver con los que tuvieron lugar quince años atrás, cuando el WGS se celebró en Boston.
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Durante una oscura noche, una espía irrumpe en la jefatura de policía y accede a los archivos secretos sobre espías de varias agencias especiales de inteligencia infiltrados en la Organización de los Hombres de Negro. Agencias como el MI6 de Inglaterra, el Servicio Federal de Inteligencia de Alemania (BDN), el Servicio Secreto de Inteligencia Canadiense (CSIS), la CIA de los Estados Unidos y mismísimo FBI se ven amenazadas por el robo de estos archivos secretos. Antes de que se realice el robo, los oficiales de la seguridad pública, dirigidos por Tooru Amuro, llegan justo a tiempo para detener a la responsable. La espía logra huir pero Amuro, con la ayuda del agente del FBI Shuichi Akai, logran abatirla durante la persecución.
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Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.
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Conan y los demás están disfrutando de la vista desde la torre Bell Tree Tower, la cual con 635 m de altura es la torre más alta de Japón. En ese momento, desde un lugar lejano se ve un destello de luz. En el siguiente instante una bala atraviesa el vidrio de la ventana y ¡Alcanza el pecho de un hombre!
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Gracias a la Fuerza Marítima se celebra una visita a la nave Aegis en el puerto de Kyoto. Conan, Ran, Kogoro y la Liga Juvenil disfrutan de un viaje con la última tecnología desarrollada. Sin embargo, suenan las alarmas y se vive una atmósfera extraña dentro de la nave. ¡No pasa mucho tiempo hasta que se encuentra un cadáver sin brazo izquierdo! ¡Y el cadáver es de uno de los oficiales de la marina! Conan descubre que está a bordo el espía 'X'. ¿Quién es? ¿Cuál es su relación con el barco? ¡Dentro del basrco se esconde un gran secreto que supera la imaginación y hará temblar a todo Japón!
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Kogoro Mouri recibe una llamada telefónica y un coche estalla delante de sus ojos. Ahora él, junto a su hija Ran y Conan, deberá descifrar un mensaje en clave dejado por el culpable antes de que una siguiente bomba estalle. Las amenazas y juegos del autor de la bomba seguirán hasta que Conan le descubra.
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Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él. (FILMAFFINITY)
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En esta ocasión un oficial de policía es asesinado delante de la Liga Juvenil de Detectives y se van sucediendo nuevos homicidios en serie a oficiales de policía. Como prueba, los dos oficiales asesinados aparecieron muertos llevando sus cuadernos de policía. Conan se encarga de este caso junto a Kogoro, ambos intentan conseguir detalles preguntando al inspector de policía, pero éste, que siempre ha colaborado, en esta ocasión rehuye contar nada sobre el caso y termina diciéndoles: 'eso no importa'. Esta frase es muy conocida entre las fuerzas de la policía porque se utiliza siempre que en un caso está envuelto personal de policía. ¿Podría ser éste un crimen perfecto?
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Nuestro héroe encuentra finalmente su alma gemela: el misterioso ladrón Kaito Kid. Afrontando el reto de Kid; Conan y su amigo Heiji intentan proteger el último tesoro de la Dinastía rusa de los Romanov, los Huevos Imperiales de Pascua. Sin embargo, Kid, con su fantástica técnica para el robo los hace confundir y consigue robar el 'Huevo de la Memoria'. Mientras Kid se aleja en su artefacto, de repente un asesino en serie interrumpe su huida, le persigue y consigue derribarlo. Kid desaparece como por arte de magia quedando sólo su paloma blanca y el Huevo de la Memoria. Ahora el tesoro está en manos del traidor. Una mujer, la legítima heredera del preciado objeto, cuenta a Conan y sus amigos el secreto de la historia de su familia, que les pone sobre la pista de un misterio con la Revolución Rusa como trasfondo.
